1、性质不同。旗舰店：是指某一品牌在某城市中最大且最为丰富齐全的营业店。专营店：是指专门经营或授权经营某一主要品牌商品（制造商品牌和中间商品牌）为主的零售业形态。
2、特点不同。旗舰店：是有着规模化倾向的商业经营模式，这对产品线的要求是比较高的。专营店：销售体现量小、质优、高毛利；采取定价销售和开架面售；注重品牌名声、从业人员必须具备丰富的专业知识，并提供专业知识性服务。
3、商品不同。旗舰店：是某一品牌的实体商品，包配套的售后服务。专营店：是某一品牌的实体商品，包配套的售后服务和旗舰店相同。
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