1、裸子植物的表面是裸露的，没有果皮包被，例如银杉、水杉等，而被子植物是有果皮包被的，例如我们常吃的苹果、水蜜桃等。
2、被子植物在形态上具有不同于裸子植物所具有的孢子叶球的花；胚珠被包藏于闭合的子房内，由子房发育成果实。
3、被子植物的种子生在果实里面，除了当果实成熟后裂开时，它的种子是不外露的，如苹果、大豆即被子植物。裸子植物则不同，它没有果实这一构造。它的种子仅仅被一鳞片覆盖起来，决不会把种子紧密地包被起来。在马尾松的枝条上，会结出许多红棕色尖卵形的松球。
4、被子植物的主要特征是：具有根、茎、叶、花、果实、种子六种器官，种子不裸露，外面有果皮包被；裸子植物的主要特征是：具有发达的根、茎、叶，种子裸露，没有果皮包被，裸子植物没有花、果实这两个器官。
5、裸子植物除少数类群外，均具有双黄酮类化合物，常见的有穗花杉双黄酮、西阿多黄素、银杏黄素、枯黄素、榧黄素等。黄酮类化合物则普遍存在，常见的有懈皮素、山奈酚和杨梅树皮素等。
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