办房产证时是否必须办房屋继承

我父亲单位（军队医院）于2000年建一经济适用房。2002年交完房款后入住至今，当时是父亲签的协议，父亲于2004年病故，。单位今年2008年统一办理房产证，由于父亲去世，单位问房产上写谁的名，母亲就写自己的名了，但在办理过程中，房产局以父亲去世为由，要求母亲办理房产继承，要交继承房产的费用和公正费等。但我查的文件是继承房产要有产权证，这种办理房产证的过程中要求按继承房产收费是否合理？如果房产证上写我的名，是否在母亲百年后能少交一笔费用？我是家中唯一子女，是否还有公正？如果继承房产的收费是合法的，具体的收费项目有那些？本市房产局给的继承手续费是每平米6元钱，和房产买卖的手续费一样。继承收费应低于买卖收费是否有具体的法规明细？问题比较急比较乱，麻烦各位律师了，谢谢