请教一个侵犯软件著作权的问题，先谢谢了！

请教一个侵犯软件著作权的问题，先谢谢了！ 半年前，我受张某的委托，为他的专利仪器开发了的一套windows下的软件。原来他的仪器只有DOS版的软件。完成软件后，他支付了一定费用。现在张某未经我的允许，将软件转让给第三方，请问是否侵犯了我的著作权？ 具体过程如下： 几年前，张某开发出了某仪器并获得了国家发明专利，该仪器有一套DOS版软件。2004年7月之前，张某销售这个仪器和DOS版配套软件，在全国范围内销售了多套仪器和配套软件。但是DOS版软件已经过时了，用户需要一套windows版的软件。 2004年7月，我受张某个人委托，开发了相应的windows应用软件，这个软件从该仪器中读取数据，进行分析。 我与张某签订了一份《软件开发合同书》，其中提到 "甲方(张某)向乙方(我)提供XX软件，合作开发... 甲方向乙方提供原有DOS版软件，乙方对其进行开发升级.... 甲方向乙方提供原有《xxx仪器》的相关软/硬件产品及其相关资料一套。 甲方负责《xxx仪器》软、硬件的销售、宣传、人员培训工作。 乙方在本合同规定时间内，按照本合同中软件功能要求向甲方提供《xxx仪器应用软件》一套。 乙方按本合同向甲方收费。 乙方不负责软硬件的现场安装、调试... 乙方按合同中软件要求向甲方提供应用软件的可执行程序”。 当时合同上有软件的版权问题(软件受版权法保护，全部版权归乙方所有。甲方获得软件后，未经授权，不得以任何方式对外销售或转让本合同涉及的软件源代码。)但是在签合同的时候，张某将版权问题的文字划掉了，并让我在上面按了手印(只有我的手印，张某没有按手印)。 2004年7月-9月，我自己编写出windows下的应用程序。其间，张某对某些功能提出了一下改进要求，我也按他的要求，对软件做了相应修改。 2004年10月，我按时将软件开发出来交给张某，当时按合同要求只给了他软件的可执行程序，没有给源代码。他也支付了相应费用。 2004年12月，张某未经我的允许,向C公司一次性转让了仪器硬件和软件，由C公司在全国范围内销售该仪器的软件和硬件。 这个软件也没有向国家有关部门进行任何著作权登记。 我的问题是： 1. 这个软件的著作权是我自己独有的，还是我和张某共同享有的?(我不会没有著作权吧^_^) 2. 我认为张某只能自己对外销售硬件和软件,不能把软件转让给第三方,让第三方销售，这种观点对不对? 3. 张某未经我的允许,向C公司一次性转让了仪器的软件，是否侵犯了我的著作权? 4. 我该如何维护我的权利,是否需要收集张某和C公司的一些证据(比如：转让合同等),如果需要收集的话，如何收集? 5. 如果他们侵权的话，我应该找谁赔偿损失?因为他们之间的转让费用肯定是包括硬件和软件的，赔偿比例多少为好?我该怎么维护我的权利? 请各位法律专家给我指点一下迷津。谢谢了！