(1)承包人完成累计金额达到合同总价的一定比例(按合同双方约定)后，按等额比例或等额扣除方式分期扣除。
也可以根据项目的实际情况进行处理。比如有些项目建设周期短，成本低，就不需要分阶段扣除。
一些建设周期长的项目，如跨年度项目，占用预付款时间长，可根据需要少扣或不扣。
(2)当工程预付款金额相等时，扣除未完工程仍需要的主要材料和构件的价值。从每次工程价款中间结算中，按材料、构配件比例扣除工程预付款，全部在竣工前扣除。
其中，起点的计算公式如下:
T=P-M/N，其中t为起点，即工程的前期准备款开始扣除时累计完成的工程价值；
M——工程预付款的金额；
N——主要材料和成分的比例；
p-承包工程的合同总金额。
建设工程合同的司法解释
第二十条
双方约定，发包人收到竣工结算文件后未在约定期限内答复的，视为认可竣工结算文件，按约定办理。承包人要求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。
