我遇到了同样的问题，发现现在可以在readthedocs上编译Cython扩展了。
简短的答案：Cython模块可以使用readthedocs提供的virtualenv功能进行编译。
有关稍长的答案和示例项目，请参见下文。
问题是什么？
据我所知，sphinx导入了将要记录的项目的所有模块，然后在python中提取文档字符串。对于Cython模块，此操作将失败，因为它们无法直接导入，必须先进行编译。在readthedocs上开箱即用，无法编译模块，但是它们提供了实现此目的的工具。
如何解决这个问题。
在virtualenv中安装项目时，将构建Cython模块（到.so文件中），然后可以将其导入。不过，这可能需要一些外部模块（以下示例为numpy，当然也包括Cython）。可以在存储库中的pip需求文件（
requirements.txt）中指定这些内容。
- 启用该选项
install your project inside a virtualenv
下的 管理 - > 高级设置 上readthedocs - 输入
requirements.txt
相对于项目根目录的路径（docs/requirements.txt
在以下示例中） - （如有必要，请更改python解释器版本）
现在，
python setup.py install每次构建文档时都将安装您的项目（使用）。如果您在readthedocs的 Builds
选项卡中单击相应的构建，则可以在 Setup Output 下看到安装脚本的 输出
。这是可能出现编译时错误的地方。请注意，编译项目可能需要一些时间。 __
示例项目
一个Python软件包，由多个Cython模块组成，每个模块都有Google样式的docstrings。
my_project/ setup.py my_package/ __init__.py # imports Cython modules cython_module1.pyx cython_module2.pyx ... docs/ requirements.txt Makefile source/ conf.py index.rst ... # more documentation
requirements.txt
cython>=0.20numpy>=1.9
注意事项
在我的项目上尝试时，我遇到了无法导入Cython模块的问题。Sphinx的错误消息显示为：
home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/... :4: WARNING: autodoc: failed to import module 'cython_module1';...File "/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/.../__init__.py", ...from .cython_module1 import CythonClass
发生这种情况是因为我曾经在本地构建我的文档，并添加了一行
...sys.path.insert(0, os.path.abspath('../../')) # path to my_package...对我的
conf.py建议在这里。这已经解决了我在本地构建时的问题（使用在那里我编译了项目
python setup.py build_ext--inplace），但是在virtualenv中安装时，这指向了错误的my_package版本（即源代码，而不是已安装的软件包）。那里的狮身人面像找不到任何要导入的.so文件。
要解决此问题，只需完全删除该行。
我希望这有帮助。
