新疆大学从1978年开始招收硕士研究生。1981年国家实施学位授予制度后，我校首批获得硕士学位授予权。1996年国务院学位办批准了我校的博士学位授权单位和中国少数民族语言文学博士点。学校现有哲学、经济学、法学、文学、历史学、理学、工学、管理学八个学科门类，涵盖了高级专门人才培养和科学研究的主要领域。现有2个国家级重点学科、1个国家级重点(培育)学科，16个自治区级重点学科，2个自治区级重点培育学科，12个校级重点学科;博士一级授权学科7个，48个二级学科博士点，26个硕士一级授权学科，157个二级学科硕士点，8个专业学位类别;现有博士生导师85人，硕士生导师503人，在校全日制博士研究生260人，硕士研究生4090人，在职专业学位451人。研究生占普通在校生人数的20%。2005年2月24日，自治区编委批准新疆大学研究生院在新疆维吾尔自治区挂牌。
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新疆大学研究生院直属新疆大学，机构包括：办公室、招生办公室、培养管理科、学位办、专业学位办、思想教育科。
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