华南农业大学的研究生教育可以追溯到1937年，是全国最早招收农科研究生的学校。第一届农科硕士学位研究生毕业于1937年，至1949年共培养硕士学位研究生21人。解放后1953年至1963年间华南农学院培养硕士研究生81人，副博士研究生8名。1978年华南农业大学恢复研究生招生，1981年我国实施学位制度后，我校成为经国务院1981年批准的第一批硕士学位授予单位、1984年批准的第二批博士学位授予单位。
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目前，学校共有12个博士学位授权一级学科，23个硕士学位授权一级学科，分属农学、理学、工学、管理学、经济学、法学六个门类;共有农业推广、工程、兽医、风景园林和公共管理等5种硕士专业学位类型和兽医博士专业学位类型，其中工程硕士有6个招生领域，农业推广硕士有12个招生领域。 目前在岗博士生导师211人，硕士生导师760人。
学校现有5个国家二级学科重点学科，1个国家二级学科重点(培育)学科，5个农业部重点学科, 7个广东省攀峰重点学科(一级学科)、5个广东省优势重点学科(一级学科)、4个广东省特色重点学科(二级学科)和1个国家林业局重点学科。
截止到2013年5月，共有在读研究生5394人，其中全日制学术型博士研究生784人，全日制学术型硕士研究生2536人，全日制硕士专业学位研究生403人，非全日制博士专业学位研究生23人，非全日制硕士专业学位研究生1648人。
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