浙江农林大学高度重视学科建设和研究生教育工作，为加强管理，于2003年成立了浙江农林大学研究生部，2011年成立党委研究生工作部、研究生处、学科建设办公室。
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学校早在1979年曾被批准为具有独立资格招收硕士研究生，但后来由于各种因素，于1980年停招。从上世纪80年代后期，学校开始与北京林业大学、南京林业大学和浙江大学等院校联合培养研究生。2003年学校获批成为硕士学位授权单位，再次独立招收硕士研究生。目前，学校已具有完备的学位授权体系。拥有林学一级博士授权学科1个，生物学、生态学、林业工程、风景园林学、建筑学、城乡规划学、林学、农业资源与环境、农林经济管理、设计学等10个一级学科硕士学位授权点，农业推广、工程硕士等2个硕士专业学位授权类型，46个二级学科硕士专业授权点。
2013年，学校在10个一级学科硕士点(覆盖32个二级学科硕士点)和14个专业学位领域招收研究生。现有在校全日制硕士研究生1351人，其中学术型硕士研究生861人，专业学位硕士研究生490人;非全日制在职专业学位硕士研究生157人。
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