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南京土壤研究所作为国家首批具有硕士和博士学位授予权的单位之一，目前已发展到拥有1个一级学科博士学位、硕士学位授予点(农业资源利用含土壤学、植物营养学、资源环境与遥感信息、环境污染过程与生态修复)、2个专业博士学位授予点(生态学、环境科学)和4个专业硕士学位授予点(地图学与地理信息系统、生态学、环境科学、水土保持与荒漠化防治)，并建有1个博士后流动站，现有博士研究生指导教师及硕士研究生指导教师60余名，在读研究生240多人,已累计培养研究生700多名。
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