内蒙古医科大学药学院创建于1977年，是中国较早的药学院。前身为内蒙古医学院药学系，2004年10月更名为药学院，2012年更名为内蒙古医科大学药学院。设有药学、临床药学、中药学、药物制剂、制药工程、中药资源与开发6个本科专业。其中，药学是学校第一理科专业，2009年通过教育部首批药学专业认证。2007年，中药学专业被评为国家级专业，药学和药剂学专业分别于2006年和2012年被评为区域品牌专业。专业与临床药学2014年升格为专业。2009年，药学院被评为自治区教育管理先进集体。研究生教育方面，药学院分别于1981年和1990年获得药理学和药物化学硕士学位，2011年获得药学和中药学硕士学位。自2012年起，与天津中医药大学联合培养中医(民族医学)博士。2014年，教育部批准药学为药学硕士专业学位授权点。同年被内蒙古自治区教育厅批准为“研究生联合培养基地”建设项目。
内蒙古医科大学所在地
经过多年的建设，药学院已经形成了一支强大的教学和科研队伍。现有教学、科研和管理人员116人，专任教师88人，其中教授25人，副教授22人。博士28人，硕士61人，博士生12人。自治区杰出人才奖1名，自治区有突出贡献中青年专家2名，自治区高等教育“111人才工程”二级人选1名，自治区“新世纪321人才工程”一级人选4名，二级人选3名；“草原英才”候选人4人；“草原英才”青年创新创业人选2名，自治区511人才4名；区级名师1名，校级名师3名；区级新增教师2名，校级新增教师12名。全国优秀教师1名，自治区优秀教师2名；自治区教学成果一等奖、二等奖、三等奖各1项。目前有博士生导师2名(与天津中医药大学联合招生)，学术导师24名，专业导师16名。自治区级优秀教学团队两个，校级两个；自治区有草原人才科技创新团队1个，校级人才团队8个。
学院设有14个专业教研室，4个实验教学中心和2个科研中心。其中，药学基础实验教学中心为自治区级实验教学示范中心，药学实验教学中心为校级实验教学示范中心。药理学、药用植物与生药学、天然药物化学、药物分析、药物化学、医用有机化学、医用基础化学7门课程被评为自治区优秀课程。中药学、分析化学、中药分析、药用植物学、中药鉴定、有机化学、药学、中药炮制8门课程被评为校级精品课程。内蒙古医科大学药学院附属药用植物园和数字植物标本馆分别纳入国家药用植物园和药用植物数字植物标本馆建设体系。
学院在继承和发扬民族遗产、弘扬民族医药事业的思想指导下，根据自身特点，结合地域优势和民族特色，依托蒙医药研究所，着力建设新药筛选工程研究中心和蒙医药有效物质与质量控制工程技术研究中心。对中蒙药资源、中蒙药药理、有效成分、药物制剂等进行了深入研究，取得了多项研究成果。
药学院大型仪器检测中心成立于2011年。投入高分辨率质谱仪、核磁共振、超高性能液位计、高效液位计、气相色谱仪、离子色谱仪、原子吸收及原子荧光光谱仪、紫外及红外光谱仪等大型仪器设备30余台，价值3000余万元。
药学院与国际国内科研院所和医药企业有着广泛的合作与交流。与美国、奥地利、日本、韩国等国家以及香港、澳门的多所高校建立了合作关系。与天津天士力制药有限公司、北京奥赫药物研究所、内蒙古大唐制药有限公司、赤峰天齐制药有限公司联合开展人才培养和药物研发。
五年来，学院共批准项目102项，科研经费总额1992.4万元；其中国家自然科学基金20项，其他部委项目2项，内蒙古自然科学基金重大项目2项，重点项目2项。近五年发表SCI、EI论文33篇；发表期刊论文486篇，其中中文核心论文269篇(含CSCD论文)；出版学术专著10余部；授权发明专利11项，实用新型专利39项。近年来，自治区科技进步一等奖1项，自治区自然科学二等奖2项，自治区青年科技奖1项。
到2019年，已培养毕业生6649人，硕士研究生334人，本科生1227人，专科生89人，硕士研究生117人。近五年就业率在87%以上。
