制药工程是运用化学、生物学、药学和工程学的原理和方法，研究和解决标准化药物生产过程中的工艺、工程和质量管理等共性问题的工程学科。它是以生命科学、药学和化学工程知识为主要理论基础，结合现代生物技术，研究开发与工业生产和人类医疗保健相关的产品或提供相关服务的工程技术学科。
制药工程专业属于化学工程和制药工程。1998年，该专业正式出现在教育部本科专业目录中。一开始制药工程以化学工程为主，大部分高校的制药工程专业都设在化学系下面。在北化生命学院梁浩教授看来，制药工程与药学院药学专业的区别在于，制药工程更注重药物的工业化制备过程，是将实验室研究成果放大并转化为规模化生产的科学技术。简单来说，药学就是药物性质的分类，属于理学或医学，偏于研究；但是制药工程偏向于实际生产，侧重于利用化学和生物工艺生产药物。
本科主要有有机化学、无机化学、生物化学、化工原理、药物化学、药理学、药剂学、药物合成反应、制药工艺学等。
以北京化工大学为例，该校本科生主要学习生物化学、微生物学、药物化学、化工原理、药理学、药学、制药工程与技术、中药等基础知识。掌握生物技术、生物制药、化学制药、中药精制、药物制剂技术与工程等专业知识。接受药物生产装置、工艺流程和设备设计的实验技能、工业实践、计算机应用、科学研究和工程设计方法、工程训练；并要求具有RD或设计新药资源、新产品、新工艺的能力。此外，还开设了国家药品生产政策法规、生产环境、环境保护、药品计算机辅助设计等课程的讲座。
根据培养方式和要求的不同，各个学校的课程设置也不一样。
