当然，这一理论也存在诸多不足。苏联在20世纪70年代出版的巴拉诺夫的《教育学》一书中就对这些不足进行了批评，我国在70年代末也有学者开始批评这一理论。有关的批评主要集中在以下几个方面:第一，忽视人的内因和主观能动性在人的发展中的作用，没有将内因、个体主观能动性作为影响人的发展的独立因素。例如，有学者指出:“环境和教育确实在一定条件下起决定作用，教育的主导作用也必须肯定。但是对于学生的成长，环境和教育始终是外因，人的身心内部矛盾的对立统一才是内因。
内因是根据，事物发展归根到底是由它来决定的。”“环境和教育对学生的影响，都要经过学生的思考作用，加以改造、制作，消化吸收，绝不只是从客体或者直观的形式上去理解，消极被动地去吸收。”因此要重视学生的主观能动性。第二，“三因素论”本身存在自相矛盾之处:一方面强调环境在人的发展中起决定作用，另一方面又批评“环境决定论”;一方面强调教育在人的发展中起主导作用，另一方面又把教育看做是影响人发展的外因，并认为决定事物发展的根本原因在事物的内部。第三，“三因素论”在论述各种因素的作用时，还存在着孤立地、静止地、简单化地看问题的缺陷。
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