甲、乙两单位互换经营性用房，甲换入的房屋价格为490万元，乙换入的房屋价格为600万元，乙支付了补价

【正确答案：D】

本题考核契税的计算。

选项D正确：房屋不等价交换,由多交付资产一方(支付补价的一方)按价差缴纳契税，谁补差价谁教税；

应纳税额=计税依据×税率；

则乙应纳契税=(600-490)×3%=3.3(万元)。