节能减排审计存在的问题有：
1、法律依据不足。我国目前缺乏相关法律的保障，被审计单位可能不配合审计部门工作，增加了审计过程中取证的困难；
2、评价标准不够完善。我国的节能减排审计标准混乱重复、流于形式，审计质量难以得到保证；
3、缺乏长期有效的监督考核体制。有些城市采取极端措施应付审计考核，影响了审计的真实性和效益性；
4、信息共享性较差。没有利用好其他审计工作已有的数据和结论，可能会造成审计工作的重复、资源的浪费；
5、缺乏专业性人才支撑。很多审计人员掌握了审计知识，却缺乏节能减排方面的专业知识。
