部门和单位审计的主要权限包括参加有关的会议，有权检查会计凭证、账簿、报表、决算、资金、财产等，查阅有关的文件、资料，对审计中发现的问题有权向有关单位与人员进行调查了解并索取证明材料，提出制止、纠正和处理违反财经法纪事项的意见以及改进管理、提高效益的建议，对严重违反财经法纪与由于严重失职造成重大经济损失的人员，向领导提出追究其责任的建议，对阻挠、拒绝和破坏内部审计工作的，经领导批准，可采取封存账册和资财等临时措施，并提出追究有关人员责任的建议，对审计工作中的重大事项，部门的应向同级国家审计机关反映，单位的应向上级内部审计机关反映。
