内控制度审计的内容主要包括：
1、责任控制制度：是以单位内部各部门、层次及人员之间的经济责任为中心的控制制度；
2、业务处理程序控制制度：是单位内部作为全面实现经营管理目标，通过制定标准程序及实施相关要求以达到有效控制及取得最大经济效益的控制制度。
3、会计控制制度：是财会部门为保证经济活动正常开展、财产安全完整和会计资料的准确可靠而制订以各种财务处理规程和防范措施与办法为基础的控制制度。
4、建立、健全内部审计制度，是内审部门负责审查各项内部控制制度的执行情况并将审查结果向企业董事会或最高管理当局报告的控制制度。
内部控制制度审计是以内部控制为对象，在评审被审计单位内部控制制度的基础上决定被抽查会计资料的内容、范围和程序，以进行符合性和实质性测试的一项科学的审计方法。
