现代风险导向审计与公允价值审计都要考虑经营风险。在进行现代风险导向审计时，注册会计师应当根据被审计单位的具体情况考虑经营风险是否可能导致会计报表发生重大错报。而在公允价值审计中，企业经营风险被量化，并在表内反映，是审计时必须考虑、复核和测试的因素。
现代风险导向审计与公允价值审计相互作用。现代风险导向审计修改了审计风险概念和风险评估程序，提出了重大错报风险的概念，有利于有效合理地评估审计风险，使审计人员更充分地了解公允价值计量过程的复杂性，为进行公允价值审计实质性测试创造了前提。现代风险导向审计要求采用公允价值审计，量化并披露审计风险，从而为现代风险导向审计提供有力保障。
