农民负担审计的特点有：
1、专案性。自90年代以来，农村地区的农民负担问题日益突出，已经由经济问题演化为社会问题和政治问题，农民负担审计就是在这种情况下开展的，其根本目的是维护农民群众的合法权益，减轻额外负担。
2、艰巨性。我国幅员辽阔，农村地区发展不平衡，情况复杂，因此开展农民负担审计工作量大，任务比较艰巨。
3、复杂性。农民负担审计涉及国家、集体、农民以及许多涉农部门的利益，处理起来也比较棘手。
4、政策性。对于日益突出的农民负担问题，国家出台了一系列法律、法规、条例，作为开展农民负担审计的依据。这些法规、条例随着经济形势的发展变化不断被调整、改进。
