简易审计程序的理论基础有：
1、矛盾特殊性理论。一切事物都包含着矛盾，矛盾存在于一切事物的发展过程中，矛盾是客观普遍存在的。矛盾特殊性的原理，要求我们坚持对具体事物具体分析的原则。
2、程序正义理论。作为法律制度的重要组成部分，审计制度对正义性的追求不容置疑。当今社会，审计公正成为国家审计的根本价值追求，其直接目的是追求实体正义，使公共资源得到有效合理的使用、揭露权力运行中的违法乱纪活动、完善权力运行机制。
3、效率理论。国家对审计活动所投入的审计资源也是有限制的，企图增加资源投入来解决问题，实现效率最大化是不现实的，所以只能通过成本结构的优化配置达到效益最大化。
