北交所和科创板的区别主要体现在，北交所坚持服务创新型中小企业的市场定位，而科创板是上海证券交易所下设的版块，主要服务于符合国家战略、突破关键核心技术、市场认可度高的科技创新企业。
此外，北交所采用公司制，科创板实施注册制。拟在北交所公开发行股票的公司应当首先在新三板创新层连续挂牌满十二个月，而科创板的标的企业来源则不包括创新层挂牌公司。北交所坚持转板机制，培育成熟的北交所上市公司可以选择到沪深交易所继续发展，科创板没有转板机制。北交所的财务指标从四套“财务+市值”标准中任选其一，科创板的财务指标从五套“财务+市值”标准中任选其一。
