分公司做年度汇算清缴，具体操作步骤如下：
一、分清分支机构：总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。
二、计算各分支机构分摊所得税款比例：以上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素作为计算依据，权重分别是0.35、0.35、0.30。
三、计算分摊税款：按照 《企业所得税法》规定，汇总纳税企业所计算的企业所得税包括预缴税款、汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊。
四、季度预缴纳税：汇总纳税企业通过(国家税务总局公告2012年第57号)文件规定的预缴分摊方法计算分支机构的企业所得税预缴额。
五、分摊税额：由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，计算出应缴应退税款，通过(国家税务总局公告2012年第57号)文件规定的税款分摊方法计算分支机构的企业所得税应缴应退税款。
