企业员工纳税额的计算公式为：累计预扣预缴应纳税所得额=累计收入额-累计减除费用-累计专项扣除-累计专项附加扣除-累计依法确定的其他扣除；本期预扣预缴税额=（累计预扣预缴应纳税所得额×预扣率-速算扣除数）-累计减免税额-累计已预扣预缴税额。
其中，专项扣除包括居民个人按照国家规定的范围和标准缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等；专项附加扣除包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等支出。公司员工缴纳个人所得税应当计算员工个人所得税应纳税所得额，即应税工资。应税工资是指劳动报酬在扣除免税项目后的应当按国家规定缴纳所得税的部分。
