性质不同。银行协议存款是指我国的商业银行按照中国人民银行或中国银行业监督管理委员会制定的有关规定，与其他机构法人或者是法人的授权机构，以签订协议约定存放利率办理的一定期限以及一定金额以上的一项存款业务。协非存款则是是在银行标准协议存款的基础上的延伸服务，属于非标服务，底层模型上不合规。
范围不同。协议存款范围比协非议存款范围更大一些。协议存款还指商业银行对一些比较特殊的资金，比如社保资金、保险资金、养老保险基金等等办理的存款期限长而且金额较大、利率、期限、结息付息方式、违约处罚标准等等由双方商定的人民币存款品种。
