1、交易标的不同：新三板的挂牌公司一定是符合条件的非上市股份有限公司，产权交易所的交易主体并无此要求，股份公司、有限公司、甚至拥有经营性国有资产的事业单位，都可以成为交易主体。
2、交易制度不同：新三板的交易制度是按照证券公司代办股份报价转让制度，即由买卖双方在协商议价后，再通过证券公司的委托报价和深圳证券交易所的清算交割平台完成交易。产权交易所实际上只是一个由国有资产主管机构监管的交易所，并不存在交易系统，也不需要线上交易，只需要在监管部门的督导下完成产权交易即可。
3、管理机构不同：新三板由中国证券业协会监管。产权交易所的监管单位为个地方的国有资产管理部门。
