当时并没有办理房产证，那该怎么办啊，请问当初该公司与银行的抵押有效吗

各位律师你们好！我在1998年时在一公司的居民楼内买了一套房，同时该楼内还有8个住户，当时并没有办理房产证，只是签订了购房协议以及合同。但该公司在2000年因向银行贷款将该楼抵押给银行。就在今年因该公司无力偿还银行贷款，银行向法院申请实现抵押权，但该楼的住户认为这侵害了自身的权利又将该公司告上法庭，最后法庭判决银行的抵押权成立，同时该楼的住户在当时与该公司签订的购房协议也有效，这就叫我们纳了闷，我们的购房协议有效，但银行的抵押权也有效，那该怎么办啊，请问当初该公司与银行的抵押有效吗？？还有现在我们准备向中级人民法院上诉，要求撤销银行的抵押权，这样有用吗？？？？