以后这所房子的房屋所有权归谁

如果你叔叔有相应的产权证,则他对该部分有合法的所有权。

没有你父亲的配合你叔叔办不下来产权证。另外，你叔叔在借用你父亲原有的房屋上加建一层，属添附，因与原物是不可分离的，所有权仍应归你你父亲所有，只是你父亲与你叔仅存在补偿问题。---------------------------------------------广东众诚律师所穆律师电话：13600191265

分成办产证可行性不大，因为土地是你父亲的，你父亲不会把土地给你叔叔，所以，结果就是产证即使办出，归你父亲，你父亲把楼上一层房子的折价款归还你叔叔。

如果房子可以分层办理产权证,是可以有两个房产证的。