联合承包合同的主要责任方在哪?

1997年,我与A建筑公司签定联合承包合同,共同承建某市政工程.(当时与施工单位直接签定合同的为A建筑公司),联合承包合同内容为我出资金与设备,A公司出技术人员,我上交管理费,并承担技术人员工资,盈亏自负.后来工程快完结时施工单位并未按合同支付工程款,之前我贷款垫付的钱也无法要回.此时,施工单位利用其为市政部门竟突然将我告上法院,本来是证据确凿的官司但因起本质为民官相争所以变得困难重重,几级法院无一例外判令我反倒退还工程款给施工单位,含冤整整八年,直至现在官司到了最高院才有了公平公正的迹象.但我现在心底有个疑问,当初让我返还钱时,因我没有还钱能力,所以法院判令A公司为主要责任承担人,直接将钱从A公司帐上划走,而在这八年的申诉中,费用跑路辛劳完全是我个人,A公司也时时向我催要从他们帐上划走的那笔钱.那么如果官司打赢,我得来的钱是否会先到公司的帐上,如果当初判令他为主要责任承担人,那么现在于法律上他有没有可能将官司赢回的钱据为己有?于口头上我们是说官司赢后我会偿还从帐上划走的钱款,那么如果在纸上定一个这样的协议受不受法律保护?盼答复,谢谢