仅补偿两年的克扣加班费合法么

问题一：08年4月21日前，公司未将房补列入计算加班费的标准工资，日前由于被告发，才将房补记入标准工资。 但对于以前的克扣的加班费，公司称依据相关法律仅追溯两年的补偿，即仅补偿06年4月21日至08年4月20日间的克扣加班费； 同时工资支付条例实施日2004年12月31日，法律中提到克扣应全额补偿，并加付25%的。 公司仅补偿两年的克扣加班费合法么？ 问题二：此外公司要求员工签这样的意向书：同意只补偿两年的克扣加班费，社会保险部分由员工选择补交与否（以前仅按底薪而非标准工资支付保险），但必须放弃此事诉讼权。 请问，这样的意向书合法么？ 不合法的话，我们该如何应对？ 以上，烦请回复，谢谢！