劳动合同与实计应支付工资不同

2007.12.27写Mail给公司经理，表明12/31合同到期后不再与公司续约。当初公司签合同时，有一部份工资没有体现在劳动合同中，后面一直是以现金方式经理发的，我们这里没有书面的证据。从10月份开始这一部份工资就没有再发，直到12/29最后一天离职时问经理有关此部份工资时他回答我不清楚我在说什么。至到今日也有拿到此部份工资。2007.12月公司共有6人离职，2008.1月有3人离职，都从10份开始没有拿到此部份工资。另外近日查社保缴费记录，发现公司至今12月份的社保没有交。我的劳动手册在1月份一直盯着公司，15日寄给了我，但至今社保的转出，公积金的转出都没有办理。另有一同事12月份与公司请病假，有医院的病假单，但公司12月份工资无论是合同中所写的还是现金的部份都没有给。些公司在2006年底2007年初时就被离职的员工有关部份现金的事申请过终栽，但当时那位同事取得了经理回答现金部份的录音。 我想问一下，我们应该怎么处理，是否应该申请劳动终栽，如果申请劳动终栽我们是否能拿回我们的工资。病假的同事又应该怎么处理，她是因为怀孕初期而请的病假，而且她的劳动合同也是到12/31到期。公司是否可以终止劳动合约。