关于房屋拆迁问题...求助!

我们家里的房子(农村的房子)现在要被拆迁,家里有一套房子是79年申请的,申请手续是以前(公社)乡政府批的,申请的文件和乡政府当时批准的手续都在,现在面临拆迁,拆迁人说房屋的手续要在市里房管所里有手续才给赔房子,我们的房屋没有在市里房管所里登记,所以没法赔偿房子,只能赔偿一部分钱,请问这样是否合理? 如果不合理,协议签了的话,能否要求再赔偿?............烦相告,谢谢!!