因患肺结核休息期间工资应该怎样核算?

我是一名偏远地区的国有企业职工医院妇产科的医生，今年在工作期间查出患有肺结核，x光片示：右上肺３型肺结核［病灶为活动期］，为避免人际间的传播，我休息了３个月．因为我们的工资有两种，一个是档案工资，一种是岗位工资，我们平时签字拿的都是岗位工资．而这次病假期间我签的任然是岗位工资,但拿到手的时候却是档案工资的８０％；这样是否合理? 另外，因为我们平时的工资是签岗位工资的100%,但只拿岗位工资的８０％，剩下地２０％是需要自挣的，然后在年终的时候结算，而我虽然休了３个月的病假，但给我定的２０％的任务是完成了的，但年终结算时，却把我的那３个月的２０％给扣除了．请问，这合不合理？ 因为按公共卫生传染病防治法法疫情控制第三十九条只说了对于甲类疾病的隔离，对乙类传染病病人是根据病情采取必要的治疗和控制传播措施．而第四十一条也只说了对于甲类病人在隔离期间有工作的单位不得停止制服其隔离期间的工作报酬．那么请问对于乙类传染病病人的工资又该怎样核算？任是按普通病假核算? 另外,普通门诊病假只有2天,像我这样休息了3个月,据说是如果不住院,那就只能算事假.请问 这种说法是否正确? [我在患病的时候工作时间已经满6年,我的岗位工资是914.0,而我的档案工资的80%是337.70]