我是否该付违约金

我到新单位第二个月，因表现较好，老板就说给我转正并签合同，但合同中当时规定如果因我的原因离职要赔偿单位1万元违约金，当时为了让单位早点给我交保险，虽然不情愿，我还是签了，后来合同去鉴证时，劳动部门说不合法，我也要求更改那项附加的条款，老板考虑后说改为月平均工资三个月的违约金，我还是不同意，但老板在合同中自己改了，我没再签字，在这个公司工作到3个半月时，虽然我的档案关系都已转到公司，但公司一直没给我交保险，并且经常加班，没加班费，我提出辞职，老板不同意，一周后我离开了公司，这种情况我是否该付合同中的三个月的违约金？公司不给我交保险，我是否可以随时通知单位离职，并不付违约金？单位现在不让我转档案关系并且未付最后的工资，我到劳动仲裁起诉需要什么证据？