工伤申请时效已过，到劳动仲裁是否可以要到单位就给的补偿金

2005年6月21日我的朋友去单位上班，走在宿舍外楼梯二楼的缓步台时，由于脚下一滑从二楼摔下（二楼围栏缺失几个栏杆漏个洞，从洞中摔下去），造成颅骨粉碎。先后两次住院，单位承担了全部的医疗费5万元。现在我朋友头骨修复后，说话不清，智力明显迟钝，咨询业内专家认为可以工伤鉴定6级。如果按当地标准，可以补偿6万左右。 但是现在合同到期，单位要与他终止劳动关系。认为他是非因公负伤只给六个月工资的医疗补助金。我朋友本人去申请认定工作，但工伤申请认定期已过，劳动部门对我朋友在厂子里发生的工伤不再给以认定。现在是否可以到劳动仲裁去申请按工伤待遇处理，并要求单位给付工伤医疗补助及一次性就业补偿金。如果劳动仲裁认为单位的决定合理不给我补偿，我是否可以到法院起诉单位，我是以工伤的事由起诉还是以民事赔偿比较好。如果以民事起诉，我朋友能得到多少补偿。