违约金应该怎么算

本人2002年7月与原工作单位（国有企业、上海）签定一份劳动合同包括一“必须服务期协议”，服务期5年；单位为我提供入沪手续，发放生活补贴；若违约，须支付违约金4万元，其中入沪手续，发放生活补贴各两万；发放生活补贴分为每月发放。2005年6月，本人因种种原因提出辞职申请，单位未同意后，本人就此离开单位；单位2005年9月与本人解除劳动关系，并提出仲裁要求支付违约金4万。 本人认为：已经为单位工作3年，每月已经“发放生活补贴“费用应为工作所得。 单位提供的“入沪手续“费用实质花费3千到四千元，要求违约金2万是否是霸王条款？即使是2万，工作3年也应承担后两年的相应费用比例。 不知看法是否有道理？ 违约金应该怎么算？大概多少钱？ 请赐教！