公司每月扣我们违约金是否合法

我是2004年应届毕业本科生，在学校里面和公司签订就业三方协议时公司要求签一个附加协议，内容为每月从我们的工资中扣除一定的违约金，一共两年，共2万元。两年合同到期后一并返还（我当时由于某种原因并没有签，不过有和我一起来这家公司的同学签了）。我们到公司报道后又签订了一份劳动合同，其中完全没有提到任何关于这个附加协议方面的事情，现在公司还是每个月照扣我们的违约金，请问这合法吗？我该怎么处理？另外，我还有一个同事，他既没有签就业协议，也没有签附加协议，只是签了劳动合同，但是仍然每月被照扣违约金，他又该如何处理？ 总结以上提到的三种情况： 1，我本人，签订就业协议和劳动合同，未签定附加协议 2，我其余几个一起来的同学，三个协议都签了 3，我另外一个同学，只签了劳动合同 请问以上三种情况分别如何处理？（我们所有人都是每月被扣违约金的）