以软件形式投资占公司股分的40%是否合法

占40%不符合法律规定。《公司法》第二十三条有限责任公司的注册资本为在公司登记机关登记的全体股东实缴的出资额。　　有限责任公司的注册资本不得少于下列最低限额：　　（一）以生产经营为主的公司人民币五十万元；　　（二）以商品批发为主的公司人民币五十万元；　　（三）以商业零售为主的公司人民币三十万元；　　（四）科技开发、咨询、服务性公司人民币十万元。　　特定行业的有限责任公司注册资本最低限额需高于前款所定限额的，由法律、行政法规另行规定。　　第二十四条股东可以用货币出资，也可以用实物、工业产权、非专利技术、土地使用权作价出资。对作为出资的实物、工业产权、非专利技术或者土地使用权，必须进行评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。土地使用权的评估作价，依照法律、行政法规的规定办理。　　以工业产权、非专利技术作价出资的金额不得超过有限责任公司注册资本的百分之二十，国家对采用高新技术成果有特别规定的除外。第二十五条股东应当足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。股东以货币出资的，应当将货币出资足额存入准备设立的有限责任公司在银行开设的临时帐户；以实物、工业产权、非专利技术或者土地使用权出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。　　股东不按照前款规定缴纳所认缴的出资，应当向已足额缴纳出资的股东承担违约责任。

以工业产权、非专利技术出资的不能超过注册一‘资本的20％，高新技术最高不超过35％。如果要认定是高新技术还要经过一系列的手续。你的这份合同比较复杂，建议在当地请律师起草为好。