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python——循环处理指定类型比如.pdb文件

Python 更新时间: 发布时间: IT归档 最新发布 模块sitemap 名妆网 法律咨询 聚返吧 英语巴士网 伯小乐 网商动力

python——循环处理指定类型比如.pdb文件

解决办法:
1.将要处理的文件运用bash命令写入文本,这里是’PDBlist’,也就排除掉’*_model.pdb’文件
2.然后在python脚本中读入

def commandline1(start,end):
    filepath = ''
    calpath = os.getcwd() #get current directory
    filename = open('../PDBlist','r') 
    files = list(filename) #!!!直到这一步才将pdb名字读入列表
#    files = os.listdir(filepath) #Return (the list!!!) of files and folders under 'filepath'.
    for i,item0 in enumerate(files[start:end]):
        item=item0.strip() #这里需要将pdb名字后面的空格去掉
        command = 'oscar -design ' +item +' >> ../outpath/'+item+'.result'
        write_qsbatch_file('sbatch_cpu'+str(i)+'.slurm',filepath,item, command)
        os.system('sbatch sbatch_cpu' + str(i) +'.slurm') #Convert a string to a command and run it on the server
    filename.close() #!!!使用文件过后要关闭文件

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