linux系统中conda的安装和配置，生物信息（一）

linux系统中conda的安装和配置，生物信息（一）

• 前言
• 一、文中用到的linux相关语法内容（可先看二）
• • • vim安装
    • vim使用
    • 配置能用鼠标进行编辑
    • 命令行模式：
    • 进行编辑
• 文件列表操作
• 二、conda安装及配置
• • 配置
  • 环境配置相关操作的学习
  • • conda操作
    • 修改源为下面内容（全部替换）测试可用
• 总结

近期开始了生物信息方面的学习，主要是linux的使用和conda的安装配置，其中遇到了很多在conda使用和配置上的问题，将完整的安装流程分享

提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考

sudo apt-get install vim

打开文件vim 123.txt

打开配置文件vim ~/.vimrc

输入set mouse=i

退出编辑ECS

保存:wq

保存并退出:wq

不保存强制退出:q！

进入编辑模式i

返回普通模式ESC

显示当前位置目录pwd

打开cd

返回cd …

展示列表内容ls

​ ll

安装过程提示yes or no ，均写yes

下载wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
（该安装包为2022年6月12日15:25:46新版）
安装sh Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

vim ~/.bashrc
若没vim可用vi

在最后一行加上export PATH=$PATH:/home/vincent/anaconda3/bin，后面为自己的安装目录/home/vincent/anaconda3/bin为笔者自己的

source ~/.bashrc，进入conda，此时为base环境，环境配置完成

conda info --envs，展示已有环境

conda create -n tf python=3.8 tensorflow=2.2 创建名为tf的环境

conda activate BTSer激活环境

conda activate 环境名字，进入环境

conda remove -n 环境名 --all 来删除这个环境

未修改源则查找安装可能失效

查找软件conda search tophat

安装软件conda install tophat

查看源conda config --get channels

​ cat ~/.condarc

修改源vi ~/.condarc

​ vim ~/.condarc

show_channel_urls: true
default_channels:

  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
channels:
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - defaults

该源可用2022年6月12日15:12:34

本文为个人学习中可用的过程，仅供参考