在QC后，我发现下载的数据，GC含量都是双峰的，这肯定是要进行过滤的。
于是我跟着jimmy大神的教程进行过滤，使用的是trim_galore软件。
但是！服务器上没有现成的软件可以使用，而且这个是需要依赖于cutadapt和fastqc两个软件依托才可以安装使用的
我首先尝试源代码安装cutadapt
cutadapt下载源代码：https://github.com/marcelm/cutadapt
1、conda 安装成功；但调用的时候一直出问题，也找不到原因，于是换成源码安装（捂脸。。）
2、尝试源码安装：
git clone https://github.com/marcelm/cutadapt/
cd cutadapt
chmod 777 setup.py
python setup.py
然后就是遇到各种Python（报错）
作者：笺牒九州的怪咖
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来源：简书
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报错后，我发现大部分教程，都是使用conda安装的，于是我进行miniconda3安装
官网下载软件后，Filezila上传服务器，我下载的是python3.8版本，没有下载最新版
下载之后就可以进行安装了
chmod 775 Miniconda3-py38_4.11.0-Linux-x86_64.sh
sh Miniconda3-py38_4.11.0-Linux-x86_64.sh
一路enter键，最后输入yes后会让你选择一个安装文件夹，可以直接enter选择默认路径或选择你想安装的路径
Miniconda3的默认安装路径是“/home/
在安装尾声，程序会询问是否通过conda来初始化miniconda3”，实际上就是将Anaconda的环境变量导入到PATH中，输入“yes”。这样一来，以后就可以直接在终端使用诸如ipython、spyder等命令了（这些好用的命令，均来自conda环境）。
最后，当屏幕输出“Thank you for installing Miniconda3!”字样时，就表明Miniconda3安装完毕了。
再次重启终端以后，你会发现每次打开终端默认都会自动进入到miniconda的base环境中，这样会拖慢终端运行的速度，而且有可能干扰到其它软件的安装。要退出的话，必须每次打开终端以后先执行conda deactivate命令，麻烦。执行以下命令，即可以解决终端每次打开都进入conda的base环境的问题：
conda config --set auto_activate_base false
安装完之输入 conda --version可以检查是否安装成功，成功了的话会显示目前conda的版本
随后需要进行环境的配置
conda config --add channels bioconda
但是官方channel在国外，可能网速会比较慢，可以使用国内的几个镜像管道。
我只添加了清华的镜像
运行conda clean -i清除索引缓存，保证用的是镜像站提供的索引。
查看镜像：
conda config --show channels
也可以到根目录的 .condarc 文件中查看
less ~./bashrc
#下面为清华镜像 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ # 下面为北外的镜像 conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
