使用Cython在Python和C++间互传大小事先未知的numpy数组

常见的教程如这个问题及回答是将大小已知的numpy数组传入传出C++，如确定会从C++传出大小为 M × N M times N M×N的矩阵。方法简单讲就是在Python端分配一个大小为 M × N M times N M×N的矩阵，把指向这个矩阵的指针传给C++，C++负责修改矩阵的内容，结束后矩阵就自动“传回”了。

然而有时我们事先不知道从C++传回的矩阵是多大，这时我们可以用这个回答所提及的技术，即从C++传回std::vector，然后在Python端把它无拷贝地转成numpy数组。

例子：从C++传回 M × 2 M times 2 M×2大小的矩阵， M M M在Python端未知。例子主要来源于网络，但我稍微换了一下应用，并修改了里面的谬误。

doit.h:

#ifndef _DOIT_H_
#define _DOIT_H_
#include 
std::vector arange2d();
#endif

doit.cpp:

#include "doit.h"
std::vector arange2d() {
	std::vector arr(10);
	long x = 0;
	for (auto i = arr.begin(); i != arr.end(); ++i) {
		*i = x++;
	}
	return arr;
}

fast.pyx:

from libcpp.vector cimport vector

cdef extern from 'doit.h':
    vector[long] arange2d()

cdef class ArrayWrapper:
    cdef vector[long] v
    cdef Py_ssize_t shape[2];
    cdef Py_ssize_t strides[2];

    def set_data(self, vector[long]& data):
        self.v.swap(data)  # 注(1)

    def __getbuffer__(self, Py_buffer *buf, int flags):
        self.shape[0] = self.v.size() // 2
        self.shape[1] = 2
        self.strides[0] = self.shape[1] * sizeof(long)
        self.strides[1] = sizeof(long)

        # 注(2)
        buf.buf =  self.v.data()
        buf.format = 'l'  # 注(3)
        buf.internal = NULL
        buf.itemsize =  sizeof(long)
        buf.len = self.v.size() * sizeof(long)
        buf.ndim = 2
        buf.obj = self
        buf.readonly = 0
        buf.shape = self.shape
        buf.strides = self.strides
        buf.suboffsets = NULL

def pyarange2d():
    cdef vector[long] arr = arange2d()
    cdef ArrayWrapper wrapper = ArrayWrapper()
    wrapper.set_data(arr)
    return np.asarray(wrapper)

• 注(1)：std::vector::swap完成了无拷贝传值，另一种方法是用std::move，不过那需要cdef extern from '' namespace 'std' nogil: vector[long] move(vector[long])，应该是这样，不过我没试过
• 注(2)：numpy的Buffer Protocol见此处，里面讲了buf需要设置哪些属性
• 注(3)：buf.format如何设置见此处

至于从C++传回Python的多维数组有两个及以上的维度不知道的话（已知维度总数ndim），网络上没找到答案，但我是这么做的：

1. 传给C++一个指向Py_ssize_t类型、长度为ndim的数组（即待传回数组的shape）的指针
2. C++传回一个std::vector并修改shape元素为合适的值
3. 按照shape及std::vector的元素类型填写buf的属性，完成std::vector到numpy数组的转换

这应该已经耳熟能详了，我就不在此赘述了。不过有一点需要注意。传double数组时没问题，各平台double都对应numpy.float64。传int数组时需注意，Windows下对应numpy.int32、Linux/Mac下对应numpy.int64。所以直接用传double数组的方法传int数组会报这个错：

Cannot assign type 'int_t *' to 'int *'

见这个问题（就是我提的）。目前我还没有优雅的解决方法。我笨拙的方法（受ead的启发）（请对照着“这个问题”看）如下：把所有的int全替换为int64_t（或int32_t，一致就行），例如int * => int64_t *、np.int_t => np.int64_t，然后在dotit.h包含头文件的地方加上#include ，在q.pyx头部加上from libc.stdint cimport int64_t。应该就可以编译了。