栏目分类:
子分类:
返回
名师互学网用户登录
快速导航关闭
当前搜索
当前分类
子分类
实用工具
热门搜索
名师互学网 > IT > 软件开发 > 后端开发 > Go语言

r语言进行go富集分析

Go语言 更新时间: 发布时间: IT归档 最新发布 模块sitemap 名妆网 法律咨询 聚返吧 英语巴士网 伯小乐 网商动力

r语言进行go富集分析

一、读取文件,ID转换

1.读取文件

library(clusterProfiler)

library(org.Hs.eg.db)

#读取文件,原始文件中使用空格分割的

go_ythdf2

go_ythdf2

2.ID转换,ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型(针对clusterProfiler)

ID转换用到的是bitr()函数,bitr()的使用方法:

bitr(geneID, fromType, toType, OrgDb, drop = TRUE)

geneID:一个含有gene_name的矢量

orgDb:人类的注释包是 org.Hs.eg.db

fromType:输入的gene_name的类型

toType:需要转换成的gene_name的类型,可以是多种类型,用大写character类型向量表示

3.gene_name的类型查看

org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型

#查看org.Hs.eg.db中可以被选择/使用的类型

keytypes(org.Hs.eg.db)

[1] "ACCNUM" "ALIAS" "ENSEMBL" "ENSEMBLPROT" "ENSEMBLTRANS" "ENTREZID"

[7] "ENZYME" "EVIDENCE" "EVIDENCEALL" "GENENAME" "GO" "GOALL"

[13] "IPI" "MAP"

转载请注明:文章转载自 www.mshxw.com
本文地址:https://www.mshxw.com/it/945292.html
我们一直用心在做
关于我们 文章归档 网站地图 联系我们

版权所有 (c)2021-2022 MSHXW.COM

ICP备案号:晋ICP备2021003244-6号