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python&rdkit | 通过模板生成错误化学反应方法

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python&rdkit | 通过模板生成错误化学反应方法

在现实情况中,科学家只记录了反应成功的化学反应,错误的反应往往被丢弃掉。我们可以通过人为生成的方式来制造在化学上错误的反应,来帮助我们建立如机器学习模型来预测化学的反应性。可以通过以下3个方式来进行,假设我们当前有一堆反应和对应提取的模板(提取模板方法)

严格正向匹配

对于反应A+B>>C,如果我们使用对其对应的模板可能得到A+B>>C+D,C是数据集中的产物,而A+B>>D就可以作为一个错误的化学反应。这种方法可以生成具有化学选择性的错例反应。

随机正向生成

对于反应A+B>>C,如果我们使用其它反应模板可能得到A+B>>E作为一个错误的化学反应。这种方法可以生成可能较为罕见的化学反应。

神经网络推荐

训练一个能够推荐模板的神经网络,然后再推荐的TOP20的模板中应用上面的随机正向生成过程,生成错误的化学反应,这样更加高效。

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