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【R语言】一文解决R语言包安装不上问题(尤其是devtools)

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【R语言】一文解决R语言包安装不上问题(尤其是devtools)

Motivation

真的要被R语言的环境配置折腾死了…用的conda管理,下载R包的时候一堆错误爆出来人都整麻了。看了下网上也没什么很好的教程,自己动手写一个吧。

步骤

首先,推荐大家用anaconda管理R环境。(废话,网上都这么说)。重点来了,安装完conda一定要设置bioconda的通道,不然很多包找不到。(这部分是网上抄袭重灾区,都是直接复制黏贴别人的)。

  1. 安装anaconda/miniconda。这部分不在本文体现了,需要的朋友自行百度,教程很多。本人用的是anaconda(miniconda是个精简版的anaconda)。
  2. 设定bioconda、conda-forge通道。
    为什么要做这一步呢?因为conda的包会从channel里搜索,默认情况下如果大家不添加bioconda和conda-forge通道,很多生信的包是根本找不到的。
    conda config --add channels defaults
    conda config --add channels bioconda
    conda config --add channels conda-forge
    
  3. 配置R语言环境。
    推荐用以下命令创建一个新的R环境,意思是创建一个环境并安装r-base r-essentials r-irkernel。
    conda create -n R r-base=4.1 r-essentials r-irkernel
    
    如果大家已经有环境了,可以直接用这个命令:
    conda install r-base=4.1 r-essentials r-irkernel
    
  4. 安装jupyter。
    conda install jupyter
    
  5. 大功告成
  6. 之后要安装R包,建议直接用conda装。
    例如,要安装devtools,可以用如下命令:
    conda install r-devtools
    
参考链接

https://bioconda.github.io/user/install.html
https://stackoverflow.com/questions/58854931/r-not-working-in-anaconda-3-on-mojave

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