栏目分类:
子分类:
返回
名师互学网用户登录
快速导航关闭
当前搜索
当前分类
子分类
实用工具
热门搜索
名师互学网 > IT > 软件开发 > 后端开发 > Python

crossmap转换坐标(liftover也可以,不过我只用它转换过bed文件)

Python 更新时间: 发布时间: IT归档 最新发布 模块sitemap 名妆网 法律咨询 聚返吧 英语巴士网 伯小乐 网商动力

crossmap转换坐标(liftover也可以,不过我只用它转换过bed文件)

在创建的python环境下进行

conda activate test_py3

安装

conda install crossmap

检查是否可以使用

CrossMap.py -h

下载chain文件
https://pythonhosted.org/CrossMap/
示例

CrossMap.py bigwig hg38ToHg19.over.chain.gz GSM4950768_KYSE30_2_4.normalized.bigWig KYSE30_2_4_hg38.bigwig

#基本格式
python CrossMap.py [文件格式] [chain文件] input output

参考链接:
https://zhuanlan.zhihu.com/p/45731354
https://pythonhosted.org/CrossMap/

转载请注明:文章转载自 www.mshxw.com
本文地址:https://www.mshxw.com/it/918431.html
我们一直用心在做
关于我们 文章归档 网站地图 联系我们

版权所有 (c)2021-2022 MSHXW.COM

ICP备案号:晋ICP备2021003244-6号