FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，其官网为：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
我们可以输入 fastqc -h来查看fastqc所有的命令和参数
命令如下：
在界面中将会显示许多的参数，右边是对这个参数的解释以及该如何使用，如下图所示，这里只截取了一部分，就不做全部展示了。
我们最常用的就是 -o --outdir，格式如下
fastqc file1 -o file2，例如
第一个file为要做质量检测的文件，o后面紧接的为输出所保存的文件夹。如果程序正常运行，将会出现如下界面。
完成之后我们打开我们指定输出的文件，里面将会出现出现两个新的文件，如下
一个为.html文件，还会生成一个压缩包。通过文件传输后我们就可以查看这两个文件的内容了。
打开.html文件，我们将会看到以下内容：
在生信入门（二）中我将会一一解释其含义
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