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R 语言分组聚类的热图

R语言 更新时间: 发布时间: IT归档 最新发布 模块sitemap 名妆网 法律咨询 聚返吧 英语巴士网 伯小乐 网商动力

R 语言分组聚类的热图

应该是会经常遇到这样的热图,就是说它的聚类情况无法与分组信息吻合。

其实这个并不是错了,是因为用于聚类的行(选出的这部分基因)的表达模式在两组之间没有明显区别。

只要改变基因数量,或者换一组基因,聚类树就有可能变得和分组吻合。

假如你尝试换了很多次还是没有办法让它们变得吻合,那就取消聚类。直接使用热图的参数cluster_cols = F即可。

图就会变成:

取消了列聚类,那么热图列的顺序就会按照矩阵列的顺序排布了。那当样本数量多起来的时候,组内的数据规律就无法清晰的展示。

所以会需要组内聚类这样的操作咯。这个只能用complexheatmap来实现,我还顺便找到了注释条加分组标签的画法,变得比常规热图好看一丢。

2.代码如下

rm(list = ls())
library(tinyarray)
a = geo_download("GSE56649",destdir
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