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chipseq MACS2 call peaks 报错解决方法——创建虚拟环境

Python 更新时间: 发布时间: IT归档 最新发布 模块sitemap 名妆网 法律咨询 聚返吧 英语巴士网 伯小乐 网商动力

chipseq MACS2 call peaks 报错解决方法——创建虚拟环境

错误描述:

macs2 callpeak -c SRR620208.bam -t SRR620204.bam -q 0.05 -f BAM -g mm -n SRR620204VS8

bam文件已经跑好,下一步就要call peaks了,使用macs v2.2.7.1 出现错误:

Traceback (most recent call last):
  File "/home/cns/miniconda3/bin/macs2", line 653, in
    main()
  File "/home/cns/miniconda3/bin/macs2", line 49, in main
    from MACS2.callpeak_cmd import run
  File "/home/cns/miniconda3/lib/python3.9/site-packages/MACS2/callpeak_cmd.py", line 23, in
    from MACS2.OptValidator import opt_validate
  File "/home/cns/miniconda3/lib/python3.9/site-packages/MACS2/OptValidator.py", line 20, in
    from MACS2.IO.Parser import BEDParser, ELANDResultParser, ELANDMultiParser,
  File "__init__.pxd", line 242, in init MACS2.IO.Parser
ValueError: numpy.ndarray size changed, may indicate binary incompatibility. Expected 96 from C header, got 88 from PyObject
经过查询了解到:macs2需要numpy合适的环境下运行,而我还没有安装numpy。

解决方法:

因担心对base环境的干扰,因此创建一个合适的虚拟环境,在该环境下完成macs2相关环境的配置:

经过查询版本需求,发现:macs v2.2.7.1 需要依赖python3.9版本,因此先创建一个python3.9的虚拟环境

conda create -n MACS python=3.9

conda activate MACS #激活所需环境

conda install -c anaconda numpy #安装numpy

conda install -c bioconda macs2 #安装macs2

macs2 callpeak -c SRR620208.bam -t SRR620204.bam -q 0.05 -f BAM -g mm -n SRR620204VS8 #再次运行

解决问题 

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