主要使用python库rpy2完成python对R的调用过程。
下载安装rpy2
- 在第三方库https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/中下载适合电脑的版本的whl文件,然后使用pip完成本地安装。
win+R,将路径切换到上述whl文件所在路径,使用pip install ….whl完成安装。windows电脑配置环境变量。
- 控制面板->系统和安全->系统->高级系统设置->环境变量,新建R的环境变量R_HOME,变量值为R所在的安装目录。再建一个rpy2的环境变量R_USER,变量值为rpy2的路径,如D:Anaconda3Libsite-packagesrpy2
在python中调用R
import rpy2.robjects as robjects
# 加载org.Hs.eg.db包
robjects.r['library']('org.Hs.eg.db')
robjects.r['library']('annotate')
for n in entre_id:
# 使用R中lookUp函数
g = robjects.r['lookUp'](str(n), "org.Hs.eg", "SYMBOL")
muta.Hugo_Symbol[muta.Entrez_Gene_Id.values == n] = g
将R脚本转换成字符,然后整段调用 import rpy2.robjects as robjects # 导入R对象
# 将整段R脚本变成字符串的格式,然后整段运行
r_script = '''
library(randomForest)
## use data set iris
data = iris
# 创建随机森林模型给鸢尾花分类
iris.rf <- randomForest(Species~., data = data, importance=T, proximity=T)
print('--------RF-------')
print(iris.rf)
confusion = iris.rf$confusion
print(confusion)
'''
# 运行上述脚本
robjects.r(r_script)



