重复的DNA序列的思路探讨与源码
重复的DNA序列的题目如下图,该题属于字符串和哈希表类型的题目,主要考察对于哈希表的使用和字符串滑窗方法的理解。本文的题目作者想到2种方法,分别是滑动窗口方法和位运算方法,其中滑动窗口方法使用Java进行编写,而位运算方法使用Python进行编写,当然这可能不是最优的解法,还希望各位大佬给出更快的算法。
本人认为该题目可以使用滑动窗口的思路进行解决,首先计算字符串的长度,并且初始化一个结果列表与一个哈希Map。然后开始循环遍历字符串,用字符串的子串的方法将结果提取出来,然后把这段字串的值作为KEY值去哈希Map里判断是否有该值,如果有就将这个重复的子字符串添加到结果列表里,否则就把这个子字符串放到那个哈希Map里为下一次遇到相同的字符串做准备。并且循环结束后最终返回结果列表。那么按照这个思路我们的Java代码如下:
#喷火龙与水箭龟
class Solution {
public List findRepeatedDnaSequences(String s) {
int lenStr = s.length();
List resFinal = new ArrayList<>();
Map saveMap = new HashMap<>();
for (int jr = 0; jr + 10 <= lenStr; jr++) {
String ind = s.substring(jr,jr+10);
int nbx = saveMap.getOrDefault(ind,0);
if(nbx == 1){
resFinal.add(ind);
}
saveMap.put(ind,nbx+1);
}
return resFinal;
}
}
显然,我们看到滑动窗口的效果还行,同时还可以使用位运算的方法解决。首先将DNA序列的A、C、G、T四个值分别转化为0、1、2、3,其实就是A用二进制的00、C用二进制的01、G用二进制的10、T用二进制的11表示。然后初始化参数并计算字符串长度,如果字符串长度小于10,那么就无需后续遍历,直接返回空列表即可。同时将结果列表进行初始化,并设置一个默认值返回0的空字典。然后开始遍历,将子字符串通过唯一的整数进行表示,然后再去判断这个整数是否在字典里出现过,如果是就直接将字符串插入到结果列表里。最终循环结束并返回结果列表。所以按照这个思路就可以解决,下面是Python代码:
#喷火龙与水箭龟
class Solution:
def findRepeatedDnaSequences(self, s: str) -> List[str]:
stdMap = {'A':0,'C':1,'G':2,'T':3}
stdLen = 10
strLen = len(s)
if(strLen<=stdLen):
return []
resFinal = []
ind = 0
dfx = defaultdict(int)
for jr in s[:stdLen-1]:
ind = (ind << 2) | stdMap[jr]
for kr in range(strLen-stdLen+1):
ind = ((ind << 2) | stdMap[s[kr+stdLen-1]]) & ((1 << (stdLen*2))-1)
dfx[ind] = dfx[ind]+1
if(dfx[ind]==2):
resFinal.append(s[kr:kr+stdLen])
return resFinal
从结果来说Java版本的滑动窗口方法的效率还可以,而Python版本的位运算方法的速度比较差,但应该是有更多的方法可以进一步提速的,希望朋友们能够多多指教,非常感谢。



